2007年，深圳市发布轨道交通建设规划方案，深圳地铁9号线属于2011年-2020年的轨道建设方案。
2013年2月，深圳地铁9号线工程环境影响评价公众参与公示；10月12日，深圳地铁9号线首台盾构始发。
2015年4月30日，振海路站、临海路站开工建设，其余站点于2015年12月8日进场围挡施工；6月11日，侨城东车辆段移交运营部门；12月28日，深圳地铁9号线首辆列车抵达深圳。
2016年5月8日，深圳地铁9号线热滑成功；7月29日，深圳地铁9号线三权移交；10月28日，深圳地铁9号线正式开通。
2018年9月28日，深圳地铁地铁9号线二期铺轨工程正式开工建设。
2019年2月26日，9号线西延线列车抵达深圳地铁侨城东，9号线西延线将进入车辆调试、系统联调阶段，预计年底开通试运营；9月28日，深圳地铁9号线二期进行全线试跑运行。12月8日，深圳地铁9号线二期开通。
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